長鎖ノンコーディングRNAシーケンス解析は、特定の期間に細胞や組織で転写されるすべての長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）とmRNAを網羅的に解析するために使用されるハイスループットシーケンシング技術です。その原理は、最も豊富なRNAであるリボソームRNA（rRNA）を除去し、残りのすべてのRNAに対して、ライブラリを構築し、シーケンシングを行うことです。 LncRNAシーケンシングは、lncRNAの発現レベルの定量化、新規lncRNAの発見、遺伝子の構造変異の解析、疾患に関連するlncRNAの同定が可能です。