動植物全ゲノムリシーケンシング(WGRS: Whole Genome Resequencing)とは、植物や動物の全ゲノムをリシーケンシングし、その配列をリファレンスゲノムの配列と比較分析を行うハイスループットシーケンス技術です。HaploXは、先進的なハイスループットシーケンサー(illumina NovaSeq 6000、NovaSeq X Plus、DNBSEQ-T20)を使用してシーケンシングを行います。得られたシーケンスデータをリファレンスゲノムと比較することにより、一塩基多型(SNP)、挿入欠失(InDel)、構造変異など、ゲノムの中の遺伝子変異を特定し、その特徴を明らかにします。この技術は、動植物の育種、進化生物学、生態学、保全遺伝学の分野で広く利用されており、ゲノムの多様性の解明、遺伝的特性の分析、品種の改良、絶滅危惧種の保護などに利用でき、動植物の科学研究に包括的かつ詳細なゲノム情報を提供します。
複数のサンプルタイプ(FFPE, cfDNA, ctDNA)
PCR/PCRフリーライブラリ作成が利用可能
最低100ng DNAインプット
高度解析とカスタマイズされた解析が提供可能
シーケンス範囲 | 全ゲノム領域 |
リード長 | PE150 |
推奨データ量 | 10x-30x |
データ品質 | Fastqファイル、 Q30≥85% |
データ解析 | 標準解析 |
納期 | QC合格後25営業日 |
サンプル種類 | 濃度 | 推奨量 | 最低量 | バンド | その他の要件 |
---|---|---|---|---|---|
gDNA | ≥12.5ng/μL | ≥1μg | ≥200ng | メインバンド>10kb | タンパク質、RNAコンタミがなく、無色透明;べたつかない |
FFPE DNA | ≥10ng/μL | ≥500ng | ≥400ng | 1000bp以上のバンド>50 % |