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16S/18S/ITS アンプリコンシーケンス解析

16S、18S、ITSアンプリコンシーケンシングは、微生物の特定の遺伝子領域を分析することにより、環境サンプル中の微生物の多様性と群集構造を研究する分子生物学的手法です。

  • 16S rDNA遺伝子は、細菌や古細菌といった原核生物のリボソームの小サブユニットrRNAをコードする遺伝子です。 この遺伝子にはいくつかの保存領域と高超可変領域があり、そのうちの超可変領域(例えばV3、V4など)は異なる細菌種を区別するのに用いられます。
  • 18S rDNA遺伝子は、真核生物のリボソームの小サブユニットrRNAをコードする遺伝子です。 16S rDNAと同様に、18S rDNAは保存領域と可変領域を持ち、真核微生物の多様性研究に適しています。
  • ITS (Internal Transcribed Spacer)領域は、真核生物のリボソームRNA遺伝子に存在し、ITS1とITS2の2つの領域があります。ITS領域の塩基配列は、真菌の種類によって変異が大きく、真菌の多様性の研究に適しています。

HaploXは、16S/18S/ITSの高度可変領域シーケンス解析のために、NovaSeq 6000やNextSeqなど複数のプラットフォームを提供し、幅広いニーズに対応します。

    ワークフロー

    ワークフロー

    受託サービスの強み

    多様なプラットフォームが選択可能

    高精度のロングリードの取得が可能

    短納期

    高いシーケンシング品質

    サービス仕様

    シーケンス範囲 16S/ 18S/ ITS特定の高度可変領域
    リード長 PE250
    推奨シーケンス深度 ≥30,000 reads
    データ品質 Fastq ファイル, Q30≥80%
    データ解析 標準解析
    納期 QC合格から45営業日

    サンプル要件

    サンプル種類濃度推奨量最低量バンドその他の要件
    WGS ≥12.5ng/μL ≥1μg ≥200ng メインバンド>10kb タンパク質、RNAコンタミがなく、粘着性のあるシルクを含まない無色透明なサンプル